اين مرکز به عنوان اولين مرکز منطقه‌اي سازمان زمين شناسي و اکتشافات معدني کشور است که در ديماه 1360 در کرمان گشايش يافت تا در راستاي وظايف حاکميتي سازمان ، امر مطالعات و پژوهش هاي علوم زمين را در قالب تهيه ي نقشه هاي زمين شناسي اين بخش از کشور عزيزمان شتاب بيشتري بخشد. مهمترين عامل در انتخاب کرمان براي گشايش اين مرکز ، تنوع و گستردگي پديده هاي زمين شناسي و همينطور ذخاير و نشانه هاي فراوان معدني دراين استان بوده است .
در طول فعاليت هاي اين مديريت تاکنون نقشه هاي زمين شناسي، اکتشافی ژئو شیمی و مخاطراتی با مقياس هاي 250000 :1 ، 100000 :1و1:25000 مطابق با استانداردهاي جهاني توسط کارشناسان آن ، از مناطق زير پوشش استانهاي کرمان ، يزد ، هرمزگان و فارس تهيه و چاپ شده است .
براي نخستين بار در کشور، بخش وسيعي ازنهشته هاي جوان استان کرمان از ديدگاه زمين شناسي کواترنري و ذخاير معدني موجود در آنها ، با حمايت سازمان برنامه و بودجه ي وقت ، مورد مطالعه قرار گرفته و نتايج آن در قالب گزارش و نقشه زمين شناسي کواترنر مقياس 50000 :1 منتشر شده و ذخاير قابل توجهي از دولوميت ، ماسه سيليسي ، بوراکس ، سولفات سديم و گچ نيز در اين راستا کشف و گزارش شده است. از سال 1384 همزمان با شروع پروژه هاي تهيه نقشه هاي زمين شناسي 25000 :1 کشور ، کار تهيه ي اين نقشه ها به صورت رقومي (ديجيتال ) در مناطقي ازاستان شامل کرمان ، زرند ، باغين ، بم وکوهبنان شروع شده است. در همين راستا بعد از تهران براي اولين بار نقشه ي زمين شناسي پزشکي مربوط به منطقه ي کرمان وحومه تهیه شده است.
مرکز زمين شناسي و اکتشافات معدني منطقه جنوب خاوري داراي ادارات با بخش هاي گوناگوني چون ، اداره امور آزمایشگاه ها شامل ازمايشگاه شيمي تجزيه ،آزمايشگاه X.R.F ،آزمايشگاه فرآوري کاني ها ، اداره اکتشاف ، اداره زمین شناسی و اداره مخاطرات زمین شناختی و بخش های کارگاه تهيه مقاطع نازک سنگ ها ، کارگاه خردايش و نرمايش سنگ ها ، بخش سنگ شناسي ، بخش فسيل شناسي ، بخش ژئومتيکس « شامل دور سنجي ، کارتوگرافي رقومي ، تلفيق اطلاعات در محيط G.I.S مي باشد.